Az Igazságügyi Orvostani Intézet eredetileg Törvényszéki Orvostani Intézet néven már az Orvosi Kar megalakulásakor, 1921-ben működött Orsós Ferenc (életrajz) ny. r. tanár vezetésével. Az oktatás a Kórbonctani Intézetben kez­dődött meg, amelynek vezetője ugyancsak Orsós professzor volt.

Igazságügyi Orvostani Intézetté a háború utáni években vált. Az intézet igazgatója 1945-től Ökrös Sándor (életrajz) egyetemi tanár lett, akit 1958-ban a Budapesti Orvostudományi Egyetem Igazságügyi Orvostani Intézetének élére helyeztek át. A debreceni intézet vezetésével ekkor Nagy János (életrajz) egyetemi docenst bízták meg, akit három évvel később, 1961-ben egyete­mi tanárrá és az intézet igazgatójává neveztek ki.

Az intézet szakértői munkája rendkívül széles körű: bíróságok, ügyészségek, rendőrség, honvédség számára fejt ki szakértői tevékenységet. Ökrös professzor vezetése alatt antropológiával, ill. ujjlécrajzolat-vizsgálatokkal is foglal­koztak, különös tekintettel a gyermek származásának megállapítására.

1958-ban indult meg az intézet toxikológiai laboratóriumának kiépítése. Módszert dolgoztak ki a kilélegzett levegő alkoholtartalmának meghatározásá­ra (Nagy-Zsigmond-féle alkoholszonda).

Nagy János professzor nyugdíjazása és korai halála után Buris László kapott megbízást 1980-ban az intézet vezetésére. Irányítása alatt az intézet tudományos profilját egyrészt az alkohol-anyagcsere morfológiai és bioké­miai változásainak vizsgálata, másrészt a gyógyszermetabolitok kiválasztása képezi.

Buris László 1983-ban tanszékvezető egyetemi tanári kinevezést kapott. A rutinmunkát az újabban kialakított vizsgáló egység, betegváró segíti elő. Új toxikológiai részleget is kialakítottak, amely korszerű felszerelést kapott, részint szponzorálásból, részint ENSZ-támogatásból. A Toxikológia 1993-tól az ENSZ Drug Control Programjának kijelölt és támogatott intézete lett.

Az oktatómunka terjedelme jelentősen megnőtt. Az igazságügyi orvostan oktatását az intézet tagjain kívül a szakma kiemelkedő képviselői: meghívott előadók, bírók, ügyészek látják el.

A fogorvostan-hallgatók számára 1980-ban igazságügyi orvostani jegyzetet írtak, amely több kiadást ért meg. 1991-ben jelent meg Buris: Az Igazságügyi Orvostan Kézikönyve; 1993-ban Buris: Forensic Medicine angol kiadása.

A World Association for Medical Law az első posztgraduális oktató intézetét az Igazságügyi Orvostani Intézetben létesítette (1997).

Az utóbbi 10 éves periódusban három kandidátusi disszertációt védtek meg az intézet tagjai. A tudományos munka profilját most is az alkohol-anyagcsere morfológiai és biokémiai változásainak vizsgálata képezi, emellett tanulmány­ozzák a gyógyszermetabolitok kiválasztását is.

2000. július 1-től Varga Mihály egyetemi docens urat nevezték ki az Intézet igazgatójának, aki ezt a feladatot ellátta 2007. január 7-én csendben, váratlanul bekövetkezett haláláig.

Ezt követően a DE OEC Elnöke Herczeg László egyetemi docenst bízta meg az igazgatói teendők ellátásával.

2007. májusában a DE OEC Igazságügyi Orvostani Intézete rendezte nagy sikerrel, Debrecenben a XVI. Alpok-Adria-Pannónia Igazságügyi Orvosszakértői Konferenciát.

2008. január 1.-től az Igazságügyi Orvostani Intézet rendkívüli halálesetekkel kapcsolatos teendői megsokszorozódtak, tekintettel arra, hogy az ellátási kötelezettsége az Intézetnek Hajdú-Bihar megye mellett Szabolcs-Szatmár-Bereg megyére is kiterjed. A fenti két megyéből a rendkívüli halálesetek boncolása az Intézetben történik. A regionális ÁNTSZ állásfoglalást adott ki melynek értelmében, a régióban az egyetlen alkalmas helyként akkreditálta az Intézetet az ilyen vizsgálatok elvégzésére. Ezzel párhuzamosan az Intézet gazdálkodása is átstrukturálásra került.

2007-2008. év fordulóján elkezdődött az In Vitro Diagnosztikai Központ tervezése, illetve pályázatának kidolgozása, melyben az Igazságügyi Orvostani Intézet diagnosztikai intézetként nevesítve vett részt.

A kezdeti koncepció később megváltozott, az Igazságügyi Orvostani Intézetet önálló intézetként, de a Patológia Intézettel közös épületben helyezték el, az ambulanciák eredeti épületben való megtartása mellett. Kialakításra került egy modern boncterem (a Patológia Intézet boncterme felett), egy röntgen- és egy szövettani indító helyiség. A halottak átadás-átvétele a korábbi áldatlan nyitott megoldás után végre a föld alatt, erre kialakított komplexumban történik. Kialakításra került két –egymásba nyitható- szemináriumi terem, továbbá a toxikológiai laboratórium is egy felújított, szabályoknak megfelelő kialakítású épületrészbe költözött.

2011-ben kapott végleges helyet –sajnos egy harmadik telephelyen- az intézet genetikai laboratóriuma: a volt nyomdaépület felújítását és a labor felszerelését saját anyagi forrásból valósítottuk meg.

A 2014-es egyetemi átalakítás után az intézet oktatási feladatokat lát el „Igazságügyi Orvostani Intézet” néven, valamint korábbi diagnosztikai-, és hatóságok, bíróságok munkáját kiszolgáló tevékenységeit „Igazságügyi Orvostan”-ként, a Klinikai Központ egyik intézményeként végzi.

Jelenleg a facilitás minden, Magyarországon „Igazságügyi Orvostan” témakörben felmerülő kérdéskör vonatkozásában kompetenciával és engedélyekkel rendelkezik, legyen az igazságügyi orvostani-, elmeorvostani-, pszichológiai-, toxikológiai szakkérdés vagy a leendő igazságügyi orvostan szakorvosainak képzése és vizsgáztatása.

2019. március 1-jétől a Debreceni Egyetem Klinikai Központ Dr. Gergely Pétert bízta meg az Intézet vezetésével.